أنشأت جامعة بورسعيد عام ۲۰۱۰ بعد ان كانت فرع من جامعة قناة السويس بمدينة بورسعيد وتم انفصال الفرع بكلياته القائمة حينذاك ليصبح جامعة بورسعيد ، وتاريخيا تم إنشاء أول مؤسسات تعليمية عليا بالمدينة تمنح درجة البكالوريوس في عام ١٩٦١، حيث تم بدأ الدراسة في ذات العام بالمعهد العالي الصناعي ببورسعيد وأيضا المعهد العالي التجاري ببورسعيد وكانوا تابعين لوزارة التعليم العالي ثم جامعة حلوان، وفى عام ١٩٧٦ عندما صدر القرار الجمهوري بإنشاء جامعة قناة السويس انضم المعهدين لجامعة قناة السويس، وتغير أسم كل منهم ليصبح كلية، وهم كلية الهندسة ببورسعيد وكلية التجارة ببورسعيد. ثم توالت بعد ذلك انشاء العديد من الكليات بمدينة بورسعيد تابعه لجامعة قناة السويس الذي سمى بعد ذلك بفرع جامعة قناة السويس ببورسعيد، حيث تم إنشاء كلية التربية عام ١٩٨٦ ثم التربية الرياضية عام ۱۹۸۹ ، ثم تم إنشاء كلية التمريض عام ۱۹۹۰ باسم المعهد العالي للتمريض، وفى إبريل عام ۲۰۰۰ صدر قرار بتغيير المسمى إلى كلية التمريض، ثم انضمت كلية التربية النوعية عام ١٩٩٩ للجامعة حيث كانت تتبع وزارة التعليم العالي، وفي عام ۲۰۰۷ تم إنشاء كلية رياض الأطفال والتي تم تغيير أسمها حديثا لتصبح كلية التربية للطفولة المبكرة، وكلية العلوم وأنضم المعهد العالي للإدارة والحاسب الآلي للجامعة عام ۲۰۰۸ حيث كان يتبع وزارة التعليم العالي والذي تم تغيير أسمه حديثا ليصبح كلية تكنولوجيا الإدارة ونظم المعلومات الإدارية.

وفي ٢٤ فبراير ۲۰۱۰م صدر قرار جمهوري بتحويل فرع جامعة قناة السويس ببورسعيد إلى جامعة مستقلة، جامعة بورسعيد، وتزامن مع ميلاد الجامعة ميلاد كلية جديدة هي كلية الآداب، حيث أنشئت في يوليو ۲۰۱۱م، تلا ذلك إنشاء كليات الصيدلة والطب عام 2013م، كما تم إنشاء كلية الحقوق عام 2017م. ثم إنشاء كلية العلاج الطبيعي ليصبح بذلك عدد كليات جامعة بورسعيد 14 كلية.

وفيما يتعلق بشعار الجامعة؛ فقد استوحي من بيئة محافظة بورسعيد حيث إنها تطل على البحر المتوسط وقناة السويس، ولذلك تم اختيار فنار بورسعيد القديم، والذي يعد واحداً من أهم المعالم السياحية والأثرية في المحافظة، حيث يمثل نموذجاً فريداً لتطور عمارة القرن التاسع عشر، وفي الشعار يرسو الفنار على مربع البحر المتوسط، وكل ذلك يتوسط الكتاب الذي يرمز إلى العلم والمعرفة ولونت صفحات هذا الكتاب بلون علم مصر.